Enstitümüz bünyesinde yürütülen sualtı arkeolojik araştırma ve kazıları, Türkiye Batık Envanteri Projesi (TUBEP) kapsamında, Doç. Dr. Harun Özdaş başkanlığında yürütülmektedir. Uzun yıllardır kesintisiz olarak sürdürülen proje kapsamında Tunç Çağı’ndan Osmanlı Dönemi’ne kadar çok sayıda batık belgelenerek, Türkiye Sualtı Kültür Mirası Coğrafi Bilgi Sistemi’ne aktarılmıştır. Enstitümüzde kurulan söz konusu sistem, Akdeniz coğrafyasındaki en kapsamlı veri tabanıdır.
Projenin deniz çalışmalarında bugüne kadar önemli keşifler yapılmıştır.
Hisarönü Tunç Çağı Batığı’nın keşfiyle dünyanın en eski batığı literatüre kazandırılmıştır.
Osmanlı’nın en önemli deniz zaferlerinden birisi olan 1695 Koyunadaları Deniz Savaşı’nda batmış Venedik Kalyonları ilk defa bilim dünyasıyla paylaşılmıştır.
Didim açıklarında 65 m.de batmış Osmanlı Dönemi’ne tarihlenen Rus Savaş Gemisi belgelenerek ilk derin su bilimsel çalışması gerçekleşmiştir.
1770 Çeşme ve 1853 Sinop Deniz Savaş alanları ilk defa kapsamlı olarak haritalanmış ve batmış gemiler belgelenmiştir.
Bozukkale Arkaik Batık Kazısı ile ender buluntular tesit edilmiştir.
Proje kapsamında Enstitümüze kazandırılan teknik altyapı ile arkeoloji laboratuvarı (DEÜ Arkeo-Lab) kurulmuş ve gerek deniz çalışmaları süresince, gerekse Arkeo-Lab bünyesinde çok sayıda öğrenci yetiştirilmiştir.