Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü, derin ve sığ sularda çalışmalar yapmak üzere 3 adet araştırma gemisine ve kıyı çalışmaları için dizayn edilmiş bir araştırma botuna sahiptir.
Gemi Filomuz: Dokuz Eylül 4, Dokuz Eylül 1, Dokuz Eylül 3 (Soldan sağa).